一般情況下，二氧化氯發生器中的二氧化氯的殺菌作用與溫度有關。一般情況下，當溫度越高時，殺菌能力越大。這一優點彌補了因溫度升高而使二氧化氯在水中溶解度下降的缺點。  

雖然，大型二氧化氯發生器和凈水器都能夠用來對污水進行凈化，但是，二者在原理上有著根本的區別。二氧化氯發生器是利用裝置內的設備制取二氧化氯溶液消毒，而凈水器則主要依靠內部活性炭的吸附作用，對水中含有的有害物質進行清除。從使用的廣泛性來說，二氧化氯發生器可以用來對工廠、醫院等污水的處理，但是凈水器大多用來對飲用水進行消毒殺菌，沒有發生器使用范圍廣。對于很多污染嚴重的水類，二氧化氯發生器比凈水器更具優勢，消毒的效果更好。  

大型二氧化氯發生器的投藥也是有技巧的，二氧化氯發生器投放藥物的方式其實是很方便的，能夠比較直觀的顯示和方便調節。  

還有就是一臺發生器能同時向多個投藥點定量的加藥。大型二氧化氯發生器的進水管路可用鐵管或塑料管，出藥管路須用聚氯乙烯或ABS塑料管，用來防止藥物對金屬管道造成腐蝕導致設備損失。其對水消毒也主要是由于藥物投放，使用不同的藥劑對水進行處理，它的投藥工藝一般按其自動化程度分為設備運行自動化和工藝自動化。  

工藝的自動化是指通過外部的信號對投藥量來加以控制，以求能達到比較合適的投加量，設備自動化的程度也直接的關系到二氧化氯在產物里的產率和處理的效果。它的控制能力還能分為二氧化氯控制、流量控制和和復合環控制三種投藥方式。